医院呼吸科是我国最早成立的儿童呼吸科专业科室之一，是我国儿科呼吸领域的临床、科研及疑难病诊治中心和国家临床药物试验基地。曾经为中华医学会儿科分会呼吸学组副组长单位之一，多次为国内《儿童社区获得性肺炎管理指南》（年版和年版）等系列指南的主要制定单位之一。是上海交通大学附属医学院较早的硕士授予点之一。呼吸科在陆权教授等带领下，走过了二十多年的光辉发展历程。
普陀院区呼吸科是在国家“双创”和上海市“科创”思想指导下新组建的科室，其发展目标是现代化、智能化和国际化。目前，科室常务副主任舒林华教授（医学博士，上海交通大学附属医学院硕士研究生导师），为国家卫计委儿科支气管镜专家组委员，中华医学会儿科分会呼吸学组支气管镜协作组委员，中华医学会儿科分会呼吸学组毛细支气管炎协作组委员，中国妇幼保健协会妇幼微创分会儿童呼吸介入学组常委，上海市医学会儿科分会呼吸学组委员，《中国当代儿科杂志》编委。
普陀院区呼吸科现有医护人员30人，医师12人，其中教授2人，副教授1人，讲师3人，住院医师6人，其中博士1人，硕士8人，硕士导师1人；护士18人，其中主管护士师3人，本科学历5人。
呼吸科由以下三部分组成：呼吸专科门诊（包括肺功能室、特异性免疫治疗室、中心雾化室、抢救室和宣教室等组成）、呼吸专科病房和支气管镜诊疗中心组成。呼吸专科年门诊量约2.7万至3万人次。病房现有床位36张，年收治病人约人次。收治病人病种覆盖了：（1）重症肺炎支原体、细菌病毒、真菌性肺炎和坏死性肺炎；（2）各种胸腔积液、脓胸、脓气胸、肺大疱等；（3）儿童哮喘危重度发作合并呼吸衰竭；（4）慢性肺炎，闭塞性细支气管炎；（5）支气管内膜结核，结核性胸膜炎；（6）先天性支气管肺发育畸形，先天性肺囊肿，肺隔离症、膈疝、膈膨升等；（7）原发性纤毛不动综合征；（8）高IgE综合征等。在小儿支气管镜介入技术领域，我科拥有国际最先进的Olympus电子支气管镜系统，最先进的美国激光治疗仪和德国氩气刀治疗仪等先进设备。在上海乃至华东地区率先开展了支气管狭窄球囊扩张、气管及气管内支架植入术、支气管内肉芽和乳头状瘤等切除术、支气管异物取出等95%以上的支气管镜四级手术。
在科研领域，“呼吸人”在国家“创新、创业”的形式鼓舞下，在上海“科创”城市的带动下，团结、敬业、拼搏、创新，大胆探索，勇于实践。在两年半的时间里先后与上海市八大科研院所合作，进行临床医学研究与转化医学创新。目前，是唯一的上海市（呼吸科）重点学科建设单位。主持上海市卫计委和上海市科委课题各一项，参与主持上海市和国家自然基金重点课题各一项，累计科研经费一百六十余万元。“呼吸人”在建科两年半的时间里，连续三次在全国儿科学术大会发言，撰写文章约8篇，其中SCI文章3篇，申请国家专利一项，彰显出“呼吸人”的勃勃生机。目前，呼吸科正乘国家创新发展的东风，围绕儿科呼吸“基础、重点、前沿、制高点”等核心技术和需求，将多学科与计算机、互联网、数字化医疗等广泛深度融合，由战略构想向战略实施大踏步、高强度迈进。
秉承光荣传统，教书育人，承上启下，继往开来。“呼吸人”在完成住院医生规范化培训、专科医师培训，研究生教育与培养，进修医生（包括日本进修医生）的培养方面，取得了长足进步。为此，科室先后多次派医生和护士数人外出参观学习，深入交流，广泛学习，合力打造学习型团队，培养和吸纳“创新”人才。
为促进学术交流，推广普及专业知识，担当起学科发展的重任，呼吸科多次召开学术会议和高端研讨会，邀请多位国内著名儿科专家讲学，传播思想，启迪智慧，传授知识，提高科室学术思想和科研意识，促进科室发展。
呼吸科是随时代发展、社会进步应运而生的科室。许多老一辈革命家和医学家给予了极大的关心、支持与帮助。毛泽东的机长亲自莅临科室做革命传统教育，勉励呼吸人以国家民族和儿童健康事业为己任，不忘初心，继续前行。国家卫计委的相关领导也多次亲临呼吸科听取汇报，提出建议，为进一步工作指明方向。许多老一代医学家多次来科室座谈，倾听汇报。最难忘的是北京首都儿科研究所的陈育智教授，不仅亲自传授知识，而且把爱人（国内著名病理学家）也请到我们科室，建立合作关系，促进了我科的快速发展。
